Sisätauteja hoidetaan KYSin Medisiinisessä keskuksessa niihin erikoistuneilla poliklinikoilla ja kolmella vuodeosastolla, joista yksi keskittyy hematologiaan eli veritauteihin. Sairaalassa toimii myös ruoansulatuselinten hoitoon erikoistunut toimenpideyksikkö ja dialyysiosasto. Hoitoon tullaan lähetteellä ajanvarauksen kautta.